Записки на литургию, поданные через сайт, передаются наравне с теми, что написаны в храме. По этому никакой принципиальной разницы в форме подачи нет.
Важно в первую очередь желание помолиться о ближних. Если у вас нет возможности быть в храме лично, вы можете подать записку через интернет.